Berlin Antlaşması, Doğu Anadolu'daki Ermenilerin Rus himayesine yönelmelerine engel olmak amacıyla, Osmanlı İmparatorluğu'ndan bu bölgedeki Ermenilerin durumunu düzeltmeye yönelik bir dizi reform yapmasını talep etti. Abdülhamid yönetiminin bu reformları ertelemesi ve bölgedeki Kürtaşiretlerini muhtemel bir Ermeni isyanına karşı silahlandırma yoluna gitmesi üzerine Ermeniler arasında devrimci ve milliyetçi örgütler güç kazandı. 1887'deMaraş'a bağlı Zeytun'da, 1891'de ise Siirt'e yakın Sason'da Ermeni devrimci örgütlerince desteklenen direniş hareketleri başlatıldı. 1895'te bu olayların ülke çapında bir ihtilale dönüşmesi olasılığının doğması ve İstanbul'da Ermeni örgütlerinin Kumkapı'da Batı kamuoyunu etkilemeye yönelik bir ayaklanma düzenlemesi üzerine Kâmil Paşa hükümeti tarafından Anadolu'da Ermeni topluluklarına yönelik sert bastırma tedbirleri alındı. IV. Ordu Komutanı Müşir Zeki Paşa, Ermeni isyanını bastırmakla görevlendirildi. Doğuda Kürt aşiret reisleri Hamidiye Alayları adı altında düzensiz milis birliklerinde örgütlendi. 1895 yazında tüm Anadolu taşrasında gerçekleşen kanlı olaylar Batı kamuoyunda genellikle Hamidiye katliamları olarak adlandırıldı ve liberal Avrupa basınında Abdülhamid aleyhine şiddetli bir kampanya başlatılmasına sebep oldu.

II. Abdülhamid'i "Ermeni Kasabı" olarak niteleyen bir Fransız karikatürü.

1897 yılında, Girit'in Yunanistan'a ilhakını isteyen Yunan hükümetinin Tesalya sınırında ihlallere girişmesi üzerine "barut kokusu" artık duyulmaya başlamıştı. Bunun üzerine vükela meclisi Mâbeyne çağrıldı. Padişah tarafından, durumun müzakere ve bir neticeye bağlanması için emredildi. Meclis ara vermeden 56 saat durumu konuştu. Herkes Yunanlılara harp açılmaması yolunda fikirler ileri sürdü. Bunu söyleyenler, ülkenin durumunun iyi olmadığını izah ederek: -Harbe girmek hata olur, diye rey veriyorlardı. Bu fikrin baş müdafii İzzet Paşa idi. Zaman zaman dışarı çıkarak padişahın yanına gidiyor, müzakereler hakkında bilgi veriyordu. Fakat Rıza Paşa ve birkaç devlet adamı, eğer Yunanistan'a karşı korkak bir tavır içine girilirse, bütün Rumeli’nin parçalanacağını ve belki de İstanbul’un tehlikeye düşeceğini savundular ve Sultan II. Abdülhamid ile gizlice görüşerek bu fikirlerini ona bildirdiler. Savaş taraftarı olan padişah hemen hazırlıkların yapılmasını istiyordu. İşte tam bu sırada harekete geçen Yunan ordusu Alasonya'ya saldırdı. Hazırlıksız bulunan Yanya'daki Osmanlı tümeni, Yunan birlikleri önünden ric'at etmek zorunda kaldı. Bunun üzerine İstanbul'daki I. Ordu, Umum Kumandanı Ethem Paşa kumadasında Yunanistan üzerine harekete geçti. Birkaç gün içinde Yenişehir'i (Tesalya) ele geçirdi. Daha sonra Atina yolu üzerindeki Milona geçitlerine geldi ve burasını savunan Yunan ordusunu, 23 Nisan 1897 günü büyük bir mağlubiyete uğrattı. Milona Meydan Savaşı ile, Avrupalıların, geçilemez de dikleri bu geçitleri aşan ordu, güneye çekilen Yunan ordusu ise, Atina ile Tesalya arasındaki Dömeke’de yeniden karşılaştı. Yunanlıların son müdafaa hatları olan Dömeke’de, 25 bin kişilik Yunan ordusu perişan edildi ve bir daha toparlanamadan darmadağın edildi. Bu muharebede Abdülezel Paşa şehid düştü. Ordu hızla ilerleyerek birkaç saat içinde Atina'ya girdi.

15-17 Mayıs tarihinde Dömeke'de yapılan muharebede Yunan ordusu kesin bir yenilgiye uğradı. Avrupa devletlerinin müdahalesi ile mütareke yapıldı. Osmanlı lehine Tesalya sınırındaki bazı küçük değişiklikler dışında savaştan önceki sınırlara dönüldü. Yunanistan Osmanlı Devleti'ne 4 milyon lira savaş tazminatı ödemeyi kabul etse de bu tazminat tahsil edilemedi. Oysa buna karşılık Girit'e özerklik verilmişti.

İttihatçılar tarafından Abdülhamid dönemine "Devr-i İstibdâd" (İstibdat Dönemi) adı verilir.

II. Abdülhamid Meclis'i kapatarak yönetimi kendi eline aldıktan sonra Osmanlı tarihinde ilk defa geniş kapsamlı bir polis ve istihbarat örgütü kurdu. 1880 yılında Yıldız İstihbarat Teşkilatını kurdu. Çok sayıda hafiyeden oluşan bu örgütün amacı Abdülhamid'in siyasi rakipleri hakkında bilgi toplamak ve Abdülhamid'e karşı hazırlanan darbe veya ayaklanma girişimlerini önlemekti. Hafiyeler sadece kendi başlarına bilgi toplamakla kalmıyor, halk arasında çok sayıda kişiye maaş bağlayarak geniş bir istihbarat ağı oluşturuyorlardı. Jurnalci adı verilen bu kişiler Abdülhamid yönetimine karşı olabilecek faaliyetleri bildiriyorlar, böylece her türlü hareketin önü önceden kesilmiş oluyordu.

• Abdülhamid'in dönemi bazı uzmanlarca Osmanlı Devleti'nin ömrünü 30-40 yıl daha uzatmış olduğu ileri sürülmüştür:
• Düvel-i Muazzama'nın bu meclisin açılmasını demokrasi ve insan hakları için değil, kendi adamları olan milletvekilleri eliyle iç idareye daha rahat karışabilmek için istediği öne sürülmüştür.
• İcrayı baskı altında tutan bir meclis vardı.
• Azınlık milletvekilleri, her bir grup arkasına bir Avrupa Devletini alarak, üyesi olduğu bağımsız devletler kararı çıkarmak için uğraşmaktaydılar. Girit, Teselya ve Yanya'nın Yunanistan'a bırakılması gerektiğini ifade eden vekiller çıkmıştır.

II. Abdülhamid, 13 Şubat 1878'de Meclisi tatil etti.

Durumdan rahatsız olan İngiltere, V. Murat'ı Padişah, Mithat Paşa'yı sadrazam başbakan yapmak için Genç Osmanlılardan Ali Suavi'yi tahrik ederek tarihe Çırağan Baskını olarak geçen başarısız darbeyi yaşattı. 23 ihtilâlcinin ölümü ile sonuçlanan bu sonuçsuz darbe, II. Abdülhamid'in hafiye denilen gizli teşkilâtını kurarak daha sıkı idareyi ele almasına mecbur etti.

Abdülhamid’in örfi yönetimine karşı muhalefet de giderek güçlendi. 1889'da İttihat ve Terakki Cemiyeti kuruldu. 1908'de İttihat ve Terakki yanlısı bazı subaylar Manastır ve Selanik kentlerinde ayaklandılar. Bu baskıların üzerine, Abdülhamid 24 Temmuz 1908'de anayasayı yeniden yürürlüğe koymak zorunda kaldı ve II. Meşrutiyet ilan edildi. Yapılan seçimlerle oluşturulan yeni meclis 17 Aralık 1908'de açıldı.

Artan huzursuzluklar ve İttihat ve Terakki karşıtlarının baskıları sonucunda, 13 Nisan 1909'da İstanbul’da ayaklanma çıktı. Rumi takvimle 31 Mart günü patlak verdiği için bu ayaklanma 31 Mart Olayı olarak bilinir. Selanik'te kurulan Hareket Ordusu 23-24 Nisan gecesi İstanbul'a girerek ayaklanmayı bastırdı.

İkinci Meşrutiyet dönemi ağırlıklı olarak İttihat ve Terakki hükümetlerinin yönetiminde geçti. Devlet yönetiminde İttihat önderleri Enver Paşa, Talat Paşa veCemal Paşa etkili oldular. Bu dönemde Osmanlı Devleti, Trablusgarp, I. ve II. Balkan Savaşları ve I. Dünya savaşlarına girdi. I. Dünya Savaşı'nın hemen ardından VI. Mehmet, İtilaf Devletleri’nin baskısıyla 21 Aralık 1918'de parlamentoyu kapattı.

12 Nisan'ı 13 Nisan'a bağlayan gece, Taksim Kışlası'ndaki Avcı Taburu'na bağlı askerler subaylarına karşı ayaklanarak kendilerine önderlik eden din adamlarının peşinde Heyet-i Mebusan'ın önünde toplandılar ve ülkenin şeriata göre yönetilmesini istediler. Hüseyin Hilmi Paşa hükümeti ayaklanmacılarla uzlaşma yolunu seçti ve hükümet üyeleri tek tek istifa etti.

Ayaklanma Heyet-i Mebusan üzerinde de etkili oldu. O gün İttihat ve Terakki üyesi mebuslar, can güvenlikleri olmadığı için meclise gitmediler. Bazıları İstanbul'dan uzaklaşırken, bazıları da kent içinde gizlendi. Bu arada ayaklanmacılar İttihatçı subaylarla mebusları buldukları yerde öldürüyorlardı. Hükümetin ve meclisin etkisiz kalmasıyla, II. Abdülhamid yeniden duruma egemen oldu. Ayaklanmayı başlatan muhalefet ise, herhangi bir programdan yoksun olduğundan önderliği elde edemedi.

İstanbul'da denetimi elinden kaçıran İttihat ve Terakki asıl güç merkezi olan Selanik'teki 3. Ordu'yu harekete geçirdi. Böylece ayaklanmayı bastırmak üzere Hareket Ordusu kuruldu.Ayaklanmacılar 23 Nisan'ı 24 Nisan'a bağlayan gece İstanbul'a girmeye başlayan Hareket Ordusu'na başarısız bir direniş çabasından sonra teslim oldular. Heyet-i Mebusan ve Heyet-i Ayan da bir gece önce Yeşilköy'de toplanarak Hareket Ordusu'nun girişiminin meşruluğunu onaylamışlardı.

Diğer bir iddiaya göre 31 Mart ayaklanmasını İttihat Terakki, İngiltere ve Abdulhamid'e Filistin nedeniyle husumet besleyen Mason teşkilatları tertip ederek Abdulhamid'i tahttan indirmeyi amaçlamışlardır. Nitekim Abdulhamid'in tahttan inmesiyle Yahudiler Filistin'de toprak satın alma izni almışlardır. İttihad Terakki ise hiçbir etkisi olmayan padişah Mehmet Reşad sayesinde yönetime tamamen hakim olmuştur. Abdulhamid'ten sonra imparatorluk hızlı bir parçalanma sürecine giderek İngiltere de istediğini elde etmiş oldu.

Alatini Köşkü (Selanik, sürgün edilen Abdülhamid'in kaldığı köşk)

Ayaklanmanın bastırılmasından sonra sıkıyönetim ilan edildi ve ayaklanmacıların önderleri divanıharpte yargılanarak ölüm cezasına çarptırıldılar. Muhalefet hareketi önemli kayıplara uğradı. Ama en önemli gelişme, Meclis-i Umumi Milli adı altında birlikte toplanan Heyet-i Mebusan ve Heyet-i Ayan'ın 27 Nisan'da II. Abdülhamid'in tahttan indirilmesini, yerine V. Mehmed'in geçirilmesini kararlaştırmasıydı.Ayrıca II. Abdülhamid'in İstanbul'da kalması da sakıncalı bulunarak Selanik'te oturması uygun görüldü. Divanıharp II. Abdülhamid'i yargılamak istediyse de, yeni kurulan Hüseyin Hilmi Paşa hükümeti bunu kabul etmedi.

3 yıl Selanik'teki Alatini Köşkü'nde ev hapsinde tutulduktan sonra 1912'de İstanbul'daki Beylerbeyi Sarayı'na getirildi. 10 Şubat 1918'de İstanbul'da vefat etti. Mezarı, büyük babası için Divanyolu'nda yaptırılmış Sultan II. Mahmut Türbesi'nde bulunmaktadır.

Sultan Abdülhamid uzunca boylu, esmerce tenli, uzunca burunlu, ela gözlü, hafif kıvırcık sakallı idi. Zeka ve hafızasının güçlü olduğu, açık bir tarzda konuştuğu, kendisine anlatılanları uzun müddet sabırla dinlediği söylenir.

Sultan Abdülhamid oldukça dindar bir insandı. Kızı Ayşe Sultan babasının dindarlığını şöyle anlatmıştır:

“	Babam doğru ve tam dinî itikada sahip bir Müslümandan başka biri değildir. Beş vakit namazını kılar, Kur'ân-ı Kerîm okurdu. Daima camilere devam ettiğini, Ramazanlarda Süleymaniye Camii'nde namaz kıldığını, o zamanlar camide açılan sergilerden alışveriş ettiğini hikâye tarzında anlatırdı. Babam herkesin namaz kılmasını, camilere devam edilmesini çok isterdi. Sarayın husus'i bahçesinde beş vakit Ezân-ı Muhammedi okunurdu. Babamın bir sözü vardı: "Din ve fen," derdi. "Bu ikisine de itikat etmek caiz" olduğunu söylerdi.	”

Günde muntazam 15-16 saat çalıştığı söylenmektedir. Çalışma saatleri dışında hobi olarak marangozlukla uğraştı. Gençliğinde binicilik, yüzme, atıcılık,güreş gibi sporlar yaptı. Tiyatro ve operaya ilgi duyardı. Yıldız Sarayı'nda yaptırdığı tiyatroda çeşitli oyun ve operaları hususi olarak getirtir ve ailesiyle birlikte seyrederdi.

Abdülhamid matbaa ve yayın işlerine çok meraklıydı. Modern matbaa makinelerini Türkiye'ye getirtip kaliteli divan eserleri bastırdı. Mesela Cem Sultan Divanı'nı bastırıp bazı nüshalarını İngiltere'ye, Almanya'ya ve Amerika'ya göndertti.

Abdülhamid dedektif romanlarına ve seyahatnamelere çok meraklı bir padişahtı. Abdülhamid'in 2 ile 5 bin adet arasında olduğu rivayet edilen bir polisiyeroman koleksiyonu vardı, bunların birçoğu Yıldız yağması sırasında ortadan kayboldu. Sherlock Holmes'un bütün maceralarını eksiksiz olarak Osmanlıcayatercüme ettirmişti.

Abdülhamid Yıldız Sarayı'nda çok büyük bir kütüphane kurdurtmuştu. Bu kütüphane 4 bölümden oluşmaktaydı:

1. Yabancı dillerde Türkiye ile ilgili yazılmış eserler: Bunların içerisinde elyazması pek çok kitap vardır. Bunlar özel olarak tercüme ettirilerek telif hakkı ödenmiş kitaplardır. Dolayısıyla bunları basmak ve dağıtmak yasaktı. Tek nüshadırlar.
2. Gazeteler: Kütüphane, Avrupa'da çıkan bütün önemli gazetelere aboneydi. Dolayısıyla son derece zengin bir süreli yayın koleksiyonu mevcuttu.
3. Roman ve hikâyeler: 6.000 kadar kitap özel olarak saray için çevrilmişti. Bu romanlar haremde de okunur ve elden ele gezer, sonra kütüphaneye teslim edilirdi. Mesela Carmen Silva'nın bütün eserleri mevcuttu. Kütüphanenin bir de Arapça ve Farsça eserleri içeren kısmı vardı ama bu kısım diğerlerine nazaran fakirdi.
4. Coğrafya ve seyahatnameler: Yıldız Sarayına kapanmış bir hayat süren Abdülhamid'in dünyayı bu eserler sayesinde tanıdığı ve takip ettiği söylenir.